Seit dem Mittelalter dehnte sich die Kirchengemeinde, dann die Gemeinde Saint-Maurice-sur-Loire von Jœuvres bis la Pételière und von Audenet bis zum Weiler le Puyaus. Der nächste Weiler von Saint-Maurice war Saint-Jean und bestand hauptsächlich aus Gebäuden des Priorats der Benediktiner von Saint-Jean-sur-Saint-Maurice mit zwei oder drei Häuser, darunter jenes wo man „den Zehnten” abgab.

Während der Revolution wurden das Eigentum des Priorats zum Verkauf angeboten. Der Weiler Saint-Jean wurde während des XIX. Jahrhundert immer wichtiger, besonders durch den Bau des Rathauses von Saint-Maurice, von Wohnhäusern und Geschäften.

In den Jahren 1880 wollten einige Gemeinderäte, dass der Weiler Saint-Jean das Zentrum der Gemeinde wird, von dem aus alle Straßen und Wege gingen, der alte Ortskern von Saint-Maurice war somit Nebensache. Aus dieser Lage ergaben sich zahlreiche Streitigkeiten, die am 23. März 1893 zur Gründung zweier Gemeinden führte: Saint-Jean-le-Puy und Saint-Maurice-sur-Loire.

Dieser Zustand dauerte bis 27. Februar 1974 als die zwei Gemeinden einen Vertrag zur Vereinigung unterzeichneten. Dieser Vertrag garantierte einige Vorrechte für jede der alten Gemeinden wie:

  • der Gemeinderat sollte aus Vertretern von Saint-Maurice und Saint-Jean gebildet werden (der Präfekt legte bei jeder Wahl die Anzahl der Vertreter jedes Dorfes fest)
  • der Bürgermeister der neuen Gemeinde hatte einen Stellvertreter in Saint-Maurice, mit den Funktionen des Polizeioffiziers und des Standesbeamten
  • das Rathaus von Saint-Maurice wurde Außenstelle mit einem Wahlbüro
  • die Sozialstellen beider Gemeindeteile blieben getrennt bestehen.

Eine erste Volksabstimmung am 24. März 1985 hatte ein negatives Ergebnis. Am 25. November 2007 wurden die Einwohner von Saint-Maurice-sur-Loire erneut zur Abstimmung aufgerufen, um einen Gemeindefusion zu verwirklichen, (eine Gesamtgemeinde), oder den seitherigen Stand zu belassen. Dieses Mal wurde für den Zusammenschluss gestimmt.

Seitdem besitzt die Gemeinde von Saint-Jean-Saint-Maurice-sur-Loire wie alle anderen Gemeinden von Frankreich einen Bürgermeister (ohne Ortsvorsteher) und die Differenzen zwischen den zwei alten Gemeinden tendieren nun zu enden.