Depuis le Moyen-Age, la paroisse puis la commune de Saint-Maurice-sur-Loire s’étendait de Jœuvres à la Pételière en passant par Audenet et le hameau du Puy. Le hameau le plus proche du bourg était Saint-Jean, essentiellement constitué des bâtiments du prieuré bénédictin de Saint-Jean-sur-Saint-Maurice et de deux ou trois maisons, dont celle où l’on récoltait « la dîme. »

A la Révolution, les terres du prieuré furent mises en vente. Pendant tout le XIXe siècle, le hameau de Saint-Jean prit de l’importance, car non seulement on y avait construit des maisons d’habitations, mais aussi des commerces et surtout la mairie de Saint-Maurice-sur-Loire.

Dans les années 1880, une partie des conseils municipaux qui se sont succédés, désirait faire de Saint-Jean le centre de la commune, d’où partiraient toutes les routes et chemins, court-circuitant ainsi le vieux bourg de Saint-Maurice-sur-Loire. De nombreuses querelles s’en suivirent qui aboutirent le 23 mars 1893 à la création de deux communes distinctes : Saint-Jean-le-Puy et Saint-Maurice-sur-Loire.

Cette situation dura jusqu’à ce que les deux communes signent, le 27 février 1974, un contrat de fusion-association qui garantissait quelques prérogatives à chaque ancienne commune :

  • le conseil municipal devait être formé d’élus issus soit de Saint-Jean-le-Puy, soit de Saint-Maurice-sur-Loire (M. le Préfet fixant à chaque élection le nombre d’élus de chaque village)
  • le maire de la nouvelle commune était secondé par le maire délégué de Saint-Maurice-sur-Loire, qui avait gardé les fonctions d’officier de police et d’état civil sur sa section
  • la mairie de Saint-Maurice-sur-Loire était devenue mairie annexe, tout en restant bureau de vote et siège du bureau d’état civil
  • enfin, les bureaux du C.C.A.S. de chaque section restaient séparés.

Un premier référendum fut organisé le 24 mars 1983 avec un résultat négatif. Les habitants de Saint-Maurice-sur-Loire furent de nouveau invités le 25 novembre 2007 à s’exprimer, soit pour garder la même situation, soit pour réaliser une fusion totale. Cette fois le résultat fut positif.

Depuis, la commune de Saint-Jean-Saint-Maurice-sur-Loire possède, comme toutes les autres communes de France, un maire (sans maire délégué) et la séparation entre les deux anciennes communes tend à disparaître.