Au Moyen-Age, n’existait sur la commune qu’une paroisse : celle de St-Maurice-sur-Loire, regroupée autour de son église et de son bourg, et comptant quelques hameaux disséminés dans la campagne qui lui étaient rattachés. Parmi ces hameaux, un prit le nom du prieuré St-Jean : c’est ainsi que le bourg de St-Jean fut bâti autour d’un prieuré.
L’existence de cet édifice s’explique par la présence de moines qui fondèrent au XIe siècle un bâtiment bénédictin : le prieuré de « St-Jean-sur-St-Maurice » qui dépendait de l’abbaye Sacrée de St-Michel en Piémont en Italie, sur les hauteurs de Suze.

Comme tous les bâtiments conventuels, ce prieuré a été construit sur un site en hauteur. L’édifice aux proportions imposantes couronne le haut d’un coteau dominant un vaste panorama sur les Monts de la Madeleine, du Beaujolais et du Charolais. Jusqu’au XVIe siècle, le prieuré fut administré par un prieur nommé par l’abbaye mère. Il jouissait de droits féodaux, moyenne et basse justice sur les tenanciers dépendants du prieuré, il percevait la dîme sur la paroisse de St-Maurice, sur une partie des paroisses de Villemontais et Cordelle. Ce sont d’ailleurs les moines de St-Jean qui fondèrent, puis desservirent la première église de Cordelle, dont on peut voir les ruines à Chevenay (hameau proche de Joeuvres).

Aujourd’hui, seuls subsistent de ce prieuré le porche et le clocher mur du XIe siècle ; les bâtiments conventuels ont été détruits comme beaucoup d’édifices à la Révolution.

L’édifice actuel a été construit en 1872 sur les vestiges du prieuré, selon les plans de l’architecte Bonnard. Son rez-de-chaussée s’ouvre sur une belle porte en arc brisé sans linteau ni tympan, entourée de trois voussures. Au-dessus, nous pouvons apercevoir une petite baie en plein cintre, puis quatre ouvertures en plein cintre aussi, mais partiellement murées. L’ensemble a sans doute fait partie d’un clocher mur à arcs, comme on en voit d’autres dans la région. C’est probablement bien plus tard que l’on a édifié un étage en façade au-dessus des baies, un peu en retrait, ainsi que 3 autres murs. Le clocher mur s’est transformé en un beffroi d’allure monumentale. Dans sa partie haute, ce beffroi est percé de hautes baies à l’est et à l’ouest, et d’une seule sur les autres côtés. L’ensemble est coiffé d’une toiture basse à 4 pans.

L’intérieur de l’église

D’aspect massif et trapu, le plan de l’église s’articule autour de trois nefs et d’un transept dont les bras se terminent par un mur à trois pans. L’édifice a gardé son pavage ancien en carreaux losangés. Les verrières hautes et élégantes ont été dessinées par le peintre-verrier Pagnon. Le chœur de forme polygonale possède deux toiles de l’artiste G. Salza : une Nativité et une Cène.

Le sculpteur forézien Jean-Marie Bonnassieux (1810-1892) a réalisé deux statues en calcaire blanc, qui ornent les autels latéraux qui leur sont consacrés : l’une représentant la Vierge (datant de 1882), l’autre saint Jean Baptiste. Cet artiste a conçu de nombreuses statues dans la région, dont la plus célèbre est sans nul doute celle de « Notre Dame de France » réalisée en 1860, et qui domine la ville du Puy-en-Velay du haut de ses 22 m.

Les alentours de l’église

L’église fut pendant des siècles entourée d’un cimetière qui fut réduit de moitié lors de la restauration de l’église en 1949, date à laquelle on cessa d’y enterrer. Il ne reste de ce cimetière que la croix monumentale qui se dresse devant l’église, ainsi que les pierres qui se trouvent autour.

Quand la commune se scinda en deux en 1894, l’église -qui avait toujours été église paroissiale- devint l’église de Saint-Jean, et le cimetière, le cimetière de Saint-Jean.

Dans la montée d’escalier sud, on peut voir un blason représentant un lion sculpté dans le calcaire jaune. Il s’agit sans doute du blason du prieur G. M. Chantelot, nommé en 1736 prieur du prieuré bénédictin de St-Jean, et qui avait pour armes « d’azur au lion rampant d’or, lampassé de gueule », c’est-à-dire un lion dressé, doré, avec une langue rouge sur fond bleu.